杭州师范大学基础医学院前身为浙江医科大学杭州分校基础医学教研室（成立于1978年），期间经历了浙江医科大学杭州分校基础部（1987年），杭州师范学院基础医学部（2003年）、杭州师范大学基础医学部（2008年），杭州师范大学医学院基础医学系（2013年）。为了提高我校医学教育和科研的整体水平，2020年11月，原医学院基础医学系和衰老研究所整合，成立了杭州师范大学基础医学院。

学院下设人体解剖与组织胚胎学系、免疫学与病原生物学系、生理学系、生物化学与分子生物学系、病理学与病理生理学系、细胞生物学系六个学系，以及基础医学实验教学中心、衰老研究所、脑科学研究所和国际植物状态及意识科学研究所，主要承担医学各专业学生的基础医学教学和科研任务。

历经四十多年的建设，杭州师范大学基础医学院目前已建成生理学、细胞生物学、衰老生物学3个二级学科硕士点，拥有免疫学、老年医学两个杭州市重点学科，具有1门国家精品在线课程（《行为生活方式与健康》），3门省级精品课程（人体解剖学、生理学、免疫学），1门市级精品课程（病原生物学）。学院拥有1个省级重点实验室（衰老与癌变生物学重点实验室）、1个市级重点实验室（炎症与免疫调控重点实验室）、1个省级实验教学示范中心等教学、科研平台；拥有较完善的公共大型仪器平台，包括生物化学与分子生物学平台、流式细胞分析分选平台、显微成像平台、分子病理平台、蛋白质组学分析平台等，为基础医学院的教育和科研打下了坚实的基础。

近年来，通过加强人才引进和师资培养，优化师资队伍整体结构，基础医学院集聚了一批具有国际视野、引领学科发展的高层次人才，其中有中科院院士、教育部特聘人才计划学者、国家杰出青年、教育部新世纪人才、国家优秀青年等国家级人才,及入选省高层次人才计划人选、省“151”等各类省级人才。形成以高端人才领衔，多学科交叉的研究团队，聚焦肿瘤表观遗传、衰老与癌变、神经生物学、免疫分子生物学、老年医学等领域研究。

基础医学院以“提供优质基础医学教育、培育医学创新拔尖人才”为使命，推崇追求卓越与思想创新，倡导学术包容和国际合作，培育创新型人才队伍，搭建一流科研平台，努力建成一个国内一流、世界知名的集教学、科研与产业开发为一体的基础医学院。