免疫学与病原生物学系于1987年成立，前身隶属于杭州医学高等专科学校基础部，由原免疫学与微生物学教研室和寄生虫学教研室合并而成，是医学部基础医学教育和科学研究的重要学系之一。根据学科发展定位，已吸引一批海内外优秀科研教学型人才，组建了一支具有创新活力且兼具国际视野、结构合理的人才梯队。目前在岗教职工29人，其中教授或研究员6人，副教授或副研究员8人，讲师10人，实验师2人，博士后1人，科研助理2人。博士学位获得者27人，占比89.6%。博士生导师5人，硕士生导师13人。作为基础医学的前沿和热点学科，全系教职工秉承杭州师范大学“勤慎诚恕、博雅精进”的校训，以建设 “国内一流”高校为目标，追求卓越，创新思想；抓住机遇，提升水平。
学系承担临床医学、口腔医学、基础医学、预防医学、药学和护理学等本科专业、研究生及留学生的《医学免疫学》、《医学微生物学》、《人体寄生虫学》、《免疫学基础与病原生物学》、《微生物与免疫学（双语）》、《高级免疫学》、《传染病学》、《实验室生物安全》和《免疫学与病原生物学实验学》等课程的教学工作。并开设了《人类健康与环境》、《疫苗与人类健康》等通识选修课。为紧密联系临床实验室诊断技术，经过优化和整合《医学免疫学》、《医学微生物学》和《分子生物学》等多学科的实验内容，创新设计了集基础性、综合性和设计性为一体的特色课程《免疫学与病原生物学实验学》，举办微生物培养皿艺术创作、人体寄生虫微观摄影等比赛。目前拥有省级精品课程（医学免疫学）1门，市级精品课程（医学微生物学）1门。教学质量优良，1位教师获杭州师范大学2022年教师教学竞赛（青年教师教学竞赛医科组）一等奖，近三年，系教师作为负责人主持校级教改项目2项，院级教改项目6项。
自学系成立以来，学科不断发展壮大，在科研方面，建设了杭州市炎症与免疫调控重点实验室，并依托全省医学表观遗传学重点实验室平台支撑，在免疫器官衰老、感染免疫、自身免疫病、致病菌耐药、微生物结构生物学等研究方向中，坚持探索创新，不断进取，近年来主持在研或完成国家级科研项目20项，省部级科研项目13项，市厅级科研项目10项，已授权发明专利4项。近5年在国内外杂志以第一或通讯作者发表科研论文40余篇，其中SCI收录30余篇，其中包括Nature, Cell Stem Cell, PNAS, EMBO，Nature Communications, Cell Reports等国际高水平杂志。
