杭州师范大学基础医学院设有人体解剖与组织胚胎学系、免疫学与病原生物学系、生理学系、生物化学与分子生物学系、病理学与病理生理学系、细胞生物学与遗传学系六个学系，建有衰老研究所、脑科学研究所、国际植物状态及意识科学研究所等多个科研机构。
学院拥有生物学（共建）一级学科博士学位授权点，基础医学一级硕士学位授权点，生理学、细胞生物学、衰老生物学、心理学、生物化学与分子生物学等5个学术型二级硕士学位点和应用心理学1个专业型二级硕士学位点。基础医学为浙江省十四五一流学科（B类），免疫学和老年医学两个杭州市重点学科。拥有全省医学表观遗传学重点实验室、杭州市炎症与免疫调控重点实验室和1个省级实验教学示范中心。
学院拥有114名专任教师，93%具有博士学位，70%为45岁以下青年教师。集聚了一批具有国际视野、能引领学科发展的高层次人才，包括中国科学院院士、国家重大人才工程特聘教授、国家杰青、国家优青等国家级人才5人，省级高层次人才6人。
学院建有集信息化、自动化管理于一体的大型仪器共享平台，包括显微成像、流式分析分选、蛋白纯化、组织切片、生化测试分析等五个子平台，配备超分辨共聚焦显微镜、高内涵成像分析系统、流式细胞分选/分析仪、冷冻电镜、分子互作分析系统、多通道小动物代谢笼等一批高精尖设备。毗邻的实验动物中心总面积约7800平米，具有小鼠笼位数约2万笼。
依托现有平台，学院已获得包括科技部重点研发计划、国家自然科学基金重点/区域重点等在内的国家级项目多项；在《Nature Cell Biology》《Cell Metabolism》《Cell Stem Cell》等顶级杂志发表研究论文多篇。
